モーターケーブルを直接いじって制御するのもいいですが、とりあえずお手軽に赤外線リモコンの代わりを作って制御するのもいいなということで、探してみると、公式仕様らしきものがありました。
(LEGO_Power_Functions_RC_v110.pdf より)
こちらなどで紹介されている LEGO_Power_Functions_RC_v110.pdf というものです。
「PawerFunctionsの赤外線解析⑤・・・ - LEGOの機関車○●○ - Yahoo!ブログ」
シンプルなプロトコルながら、信号線の操作や、モーターのPWMの制御だけでなく、ブレーキやフロートなんかもできるようです。これはぜひ試してみたい!